La estructura del CJE es democrática y representativa y la componen los siguientes órganos:

La Asamblea General que reúne cada dos años a los y las representantes de todas las entidades miembro del CJE para fijar las líneas de actuación del Consejo, revisar el trabajo realizado en el periodo entre Asambleas, aprobar el balance económico y el presupuesto, estudiar y debatir los documentos elaborados por las Comisiones Especializadas y elegir a los miembros de la Comisión Permanente.

La Asamblea Ejecutiva es el órgano responsable de desarrollar los acuerdos de la Asamblea. Se reúne con carácter ordinario dos veces al año y con carácter extraordinario cuando lo solicite un tercio de las entidades miembro o a propuesta de la Comisión Permanente.

La Comisión Permanente es el órgano encargado de ejecutar sobre el terreno los acuerdos de la Asamblea General y de la Asamblea Ejecutiva, asumiendo la representación del Consejo. Entre sus funciones conviene destacar su labor de coordinación de las Comisiones Especializadas y grupos de trabajo establecidos por la Asamblea, y representación del CJE ante las instituciones y organizaciones con las que se mantienen o inician relaciones.

Las seis Comisiones Especializadas (Socioeconómica, Participación y Promoción Asociativa, Educación Integral, Derechos e Igualdad de Oportunidades, Relaciones Externas y Desarrollo Institucional y Relaciones Internacionales) son las encargadas de elaborar los documentos y propuestas de actuaciones concretas que sirvan de base a las decisiones del Consejo.